Plataformas de apoyo  
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Biobanco
Objetivos Composición Documentación Funcionamiento Cartera Servicios


 
 
lineaObjetivos
Plataforma de soporte a la investigación cuyo principal objetivo es impulsar el desarrollo de cualquier estudio de DNA/RNA a escala masiva, bien sea en humanos o en otros organismos. La actividad de la plataforma está dirigida a asesorar a científicos e investigadores sobre las posibilidades y beneficios que se obtienen de la aplicación de técnicas de biología computacional en sus investigaciones. Además, se prestará apoyo a los investigadores en el análisis e interpretación de datos obtenidos mediante técnicas experimentales de alto rendimiento.

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lineaComposición
Coordinadora
Carolina Rubio Martín
Contacto:
Tfno: 91 207 15 12
 

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lineaDocumentación
 

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lineaFuncionamiento
El procedimiento a seguir es el siguiente:
  1. Rellenar la hoja de “Solicitud de trabajo” y enviarla a carolina.rubio.martin@idipaz.es. Rellenar que se desea realizar mediante una memoria de extensión breve en la que se especifiquen claramente el objetivo primario del estudio y los secundarios, si los hubiera.
  2. Reunión con la Plataforma de Bioinformática para poner en común cuestiones como el tamaño muestral con el que se va a trabajar, la potencia estadística que se desea obtener y las variables que se desean analizar.
  3. Preparación y entrega de los datos a ser analizados en el formato previamente acordado entre ambas partes.
  4. Realización del análisis.
  5. Entrega de resultados en los formatos pertinentes.

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lineaCartera de Servicios/Tarifas
  1. Diseño experimental. Asesoramiento para decidir el tamaño muestral, el diseño del estudio y la planificación de la metodología.
  2. Análisis de datos. Se realiza el procesado bioinformático de los datos obtenidos en diversas plataformas tecnológicas de alto rendimiento empleadas en el ámbito de la genómica. En estos análisis se incluye la normalización, el análisis estadístico y la representación de los resultados. Los análisis más habituales son:
  • Expresión diferencial de genes, miRNAs o lncRNAs. La tecnología de procedencia de los experimentos puede ser microarrays (Affymetrix, Agilent) o RNA-seq (Illumina, Ion Torrent).
  • Interacciones proteína-DNA a partir de experimentos de inmuprecipitación y microarrays (ChIP-chip) o secuenciación (ChIP-seq).
  • Ayuda a la interpretación de resultados. Una vez seleccionados los genes de interés se realizan estudios de asignación biológica-funcional, como el estudio de enriquecimiento funcional de listas de genes/proteínas.
  • Diseño, implementación y administración de bases de datos (p.ej. de pacientes, muestras, etc.).
  • Actividades de formación individualizada: Formación a los usuarios (científico/técnicos) de los principales fundamentos teóricos y prácticos para el manejo de los resultados y su interpretación.

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