1.-Identificación de biomarcadores epigenéticos predictivos en la aparición de resistencia al tratamiento en tumores sólidos. Dentro de los marcadores oncológicos, los de uso predictivo son los más necesarios para ayudar a dirigir terapias ya que la gran mayoría de los pacientes son diagnosticados cuando el tumor necesita ser tratado. Los compuestos derivados del platino, son el tratamiento estándar y/o en combinación para tumores con alta incidencia como el de pulmón, ovario y recto por lo que el hecho de encontrar marcadores de respuesta a su uso, permitiría la selección de pacientes optimizando el tratamiento y el gasto sanitario asociado.
1.1- Cáncer de pulmón: En esta línea hemos identificado la metilación del promotor del gen IGFBP3, cuyo silenciamiento epigenético se relaciona con resistencia a platino, extendiendo su validación a cohortes de pacientes con cáncer de pulmón susceptibles de beneficiarse de su uso. Además la efectividad de éste biomarcador se está testando en biopsia líquida como prueba no invasiva. Esta línea de investigación ha dado lugar a tres publicaciones concatenadas (Oncogene 2010 PMID: 20023704, Oncogene 2013 PMID: 22543588,  Epigenetics 2014 PMID: 25482372) y a una patente en fase de explotación conjunta con una empresa biotecnológica española que ha licenciado dicha patente. Esta patente ha superado una Compra Pública Precomercial en SERGAS y su validación en fases nacionales ha contado con el apoyo de dos proyectos RETOS concatenados.
 1.2. Tumores Cerebrales: Respecto a nuestra línea con tumores cerebrales, valoramos el estado de metilación del gen MGMT en gliobastomas, como tarea asistencial e investigadora desde el año 2014 en nuestro laboratorio, desarrollando tecnología avanzada de alta sensibilidad para su detección en biopsia líquida. Los datos obtenidos hasta la fecha en mas de 200 pacientes en un ensayo prospectivo ha dado lugar a una reciente publicación (Clinical epigenetics 2021 PMID: 33750464) y un segundo artículo en proceso, además de una patente europea que acaba de pasar a extensión PCT, y a la obtención de dos proyectos públicos competitivos, un de ellos un proyecto tecnológico DTS20 para diagnóstico y monitorización en sangre de pacientes con glioblastomas, y un proyecto PLEC (RETOS) en colaboración con Val`deHebron para afinamiento de tecnologías de diagnóstico y seguimiento con trazadores PET. Además estos resultados han permitido la defensa en 2021 de la tesis doctoral de Rocío Rosas, miembro de nuestro equipo, que acaba de iniciar su línea independiente en Enero de 2022 como investigadora “Juan Rodés”.
1.3. Cáncer de Ovario: Así mismo tenemos una línea abierta en cáncer de ovario, en la que hemos publicado un artículo reciente (Clinial Epigenetics 2021 PMID: 34454589) y nos ha permitido participar como lideres de work package en un proyecto Europeo Transcan liderado por Italia, que acaba de pasar positivamente la primera ronda de evaluación.
1.4. Melanoma: Línea iniciándose en el grupo centrada en el estudio de la respuesta a inmunoterapia mediada por la regulación epigenética de MAFG, supervisada por O. Vera incorporada recientemente al grupo como investigadora postdoctoral Sara Borrell.

2.  Estudio de los mecanismos moleculares que subyacen a la resistencia simultánea a platino en cáncer, a través de la regulación epigenética de ARNs no codificantes reguladores.  En esta línea se estudian los cambios de expresión de microARNs y lncRNAs en líneas celulares humanas de CPNM y cáncer de ovario sensibles y resistentes a platino establecidas en nuestro grupo de investigación. Hemos identificando 7 microARNs cuya expresión parece estar bajo regulación epigenética. Uno de ellos bajo la regulación epigenética de su región reguladora (miRNA-7) como potencial biomarcador predictivo de respuesta a platino en cáncer de ovario en términos de supervivencia global y tiempo a la progresión. Producto del desarrollo de esta línea ha sido la publicación de un artículo en la revista (Theranostics 2017 PMID: 29158814), así como una patente que se encuentra en fase PCT. Basándonos en estos hallazgos, en el año 2016 iniciamos una colaboración con el centro oncológico MOFFITT, en Tampa (EEUU), para el estudio de los Long Non-Coding RNAs (lnc-RNAs) y su posible regulación a través de metilación del ADN en dichas líneas celulares. Con este proyecto valoramos los cambios de expresión de lncRNAs y su regulación epigenética a nivel de la metilación del ADN, caracterizando dos grupos de lncRNAs diferencialmente regulados en el desarrollo de resistencia a cisplatino, y abriendo así el camino para la identificación de nuevos. Fruto de la actividad de esta colaboración se obtuvieron resultados de gran novedad en este campo (Epigenetics PMID: 29436261 y Translational Reseach 2018, PMID: 30053382), y se mantiene la actividad investigadora centrada en la caracterización de estos noveles biomarcadores gracias a la financiación apoyada por los proyectos PI21/00145 y Caixa Impulse.

3. Identificación de nuevas dianas terapéuticas. En los últimos años también hemos identificado la regulación directa del gen MAFG a través del miR-7 en nuestros modelos experimentales. La función de MAFG se asocia a detoxificación en situación de estrés oxidativo y nuestros estudios in vitro han demostrado su implicación en la aparición de fenotipos resistentes a cisplatino. Nuestra aproximación traslacional indica que MAFG podría ser un marcador diagnóstico en pacientes con cáncer de pulmón y ovario tratados con quimioterapia basada en platinos. Esta línea ha proporcionado hasta la fecha cuatro artículos (Translational Reseach 2018, PMID: 30053382; Cell Biosci. 2019 PMID: 31406565; Arch Bronconeumol (Engl Ed). 2020.PMID: 31780284; Antioxidants (Basel).PMID: 32492865) y una patente europea que acaba de extenderse a fases nacionales en USA y Europa, que describe el uso clínico de MAFG en pacientes con cáncer de pulmón y de ovario. En la actualidad hemos abordado  el estudio y  uso de MAFG  como diana terapéutica mediante ensayos in vitro e in vivo tras la edición del gen MAFG mediante el uso de la tecnología CRISPR/Cas9, proyecto financiado por el ISCIII (PI18/00050, P21/000145) además de extender y validar su uso con el potencial desarrollo de un kit de uso clínico gracias a la obtención de un proyecto RETOS (RTC2019-007229-1) de la convocatoria 2019 y que está en curso con la colaboración del H. Ramón y Cajal y las empresas Aptus y Atrys.

4. Identificación de biomarcadores en biopsia líquida (sEVs) en pacientes con tumores sólidos. Con esta línea pretendemos a través de una primera aproximación básica caracterizar y comparar el contenido proteico y de microRNAs de exosomas procedentes del secretoma de líneas celulares pareadas sensibles y resistentes de cáncer de pulmón. En el estudio traslacional del proyecto se están validando los candidatos identificados en las líneas celulares en exosomas circulantes de muestras de pacientes de cáncer de pulmón y ovario que han dando lugar a resultados diversos, por una parte se han identificado dos miRNAs candidatos con significado pronóstico en esta patología, y por otra parte se ha identificado un miRNA con posible valor universal como endógeno capaz de normalizar el valor del contenido del miRNoma exosomal, tanto de individuos sanos como en individuos con distintos tipos tumorales. Estos resultados han dado lugar una patente europea que se encuentra en fases nacionales y la obtención de un proyecto Caixa Impulse Validate para la constitución de una Spin-off, en nuestra institución centrada en el desarrollo de un primer producto RUO para la normalización del contenido exosomal en muestras de sangre humanas, además de dos manuscritos en preparación, así como la  defensa de la tesis de Julia Jiménez en Julio de 2019.

5. Identificación de biomarcadores farmacogenéticos asociados a eficacia y toxicidad de tratamientos contra el cáncer. Liderada por la Dra. R Rosas.
La farmacogenética es el área de conocimiento que trata de identificar variantes genéticas para proporcionar información que permita conocer mejor la respuesta a los fármacos en términos de eficacia y toxicidad, contribuyendo así a la medicina personalizada de precisión. A pesar de los avances en la investigación y el desarrollo de nuevos tratamientos contra el cáncer, la eficacia y la seguridad de estos fármacos varía considerablemente entre los distintos pacientes. En este contexto, surge esta línea de investigación para comprender cómo las variaciones genéticas de los individuos pueden influir en la eficacia y toxicidad de los tratamientos oncologicos. El uso de biomarcadores farmacogenéticos es una realidad en la práctica clínica habitual y ha demostrado que mejora la eficacia y reduce los efectos secundarios de los tratamientos, lo que a su vez se traduce en una mejor calidad de vida de los pacientes y una reducción de los costes del sistema nacional de salud. Nuestro objetivo final es identificar nuevos biomarcadores farmacogenéticos que permitan una mejor selección de los tratamientos contra el cáncer para cada paciente, promoviendo así la medicina del futuro con un enfoque personalizado e individualizado. Esta línea actualmente dispone de dos proyectos obtenidos en convocatoria competitiva pública (PI22/00128) y privada (Fundación Jose Luis Castaño-SEQC) y liderados por la Dra. Rocío Rosas.

6. Puesta a punto de técnicas de alto rendimiento a disposición del SNS. (NGS y Caracterización del estado de metilación del DNA). Implícito a las líneas tranasversales del grupo  del grupo y en nuestro compromiso por dar apoyo en la implementación en el SNS de los avances tecnológicos derivados de nuestra actividad investigadora, hemos puesto a punto en las instalaciones de genética de la PAZ  la caracterización del estado de metilación del DNA a través del uso de estas nuevas vertientes de NGS aplicadas al campo de la epigenética, tanto desde un abordaje global como limitado a determinadas regiones, para implementar su posible aplicabilidad asistencial en pacientes con cáncer a través de paneles personalizados en tumores sólidos incluyendo glioblastomas, a través del uso de tecnología Methylseq y de los 850K EPIC-arrays. Así mismo, en estos años hemos puesto a punto el uso de de paneles comercilaes de NGS cumpliendo rigurosamente con la normativa de calidad para abordar la caraterización del perfil genético de los tumores de pacientes con cáncer de pulmón, y estamos iniciando la fase de implementación hospitalaria gracias a la incorporación a nuestro equipo como la Dra Rocío Rosas, Juan Rodés de 2022. Esta línea está en fase de implementación en nuestro centro, en el que ya hemos probado carreras con diversas librerías de distintas casas comerciales. Su puesta a punto permitiría su uso tanto para actividades de investigación como su futura aplicabilidad asistencial, sobre todo en la clasificación de tumores cerebrales. Esta actividad está financiada por el Grupo Español de Oncología Transversal y Tumores Huérfanos Infrecuentes (Getthi), que acaba de financiar al grupo con un proyecto competitivo para tal fin. Dada la experiencia adquirida por el grupo en el uso de datos masivos, hemos iniciado el estudio de matrices bioinformáticas predictivas de respuesta al tratamiento con platinos. Pretendemos combinar la información disponible en bases de datos de domino público con información clínica relevante asociada a resultados experimentales propios (micoarrays de metilación y de expresión génica y de microRNAs, secuenciación por bisulfito, RNAseq y miRNAseq) para generar una matriz predictora de respuesta a tratamiento. Con estos modelos analíticos, pretendemos identificar “marcadores globales” que definan un perfil predictivo al tratamiento con platinos en cáncer de pulmón y de ovario en función del transcriptoma, microRNoma, y/o metiloma.

Cartera de Servicios/Tarifas (Versión TEBC-TARIFAS-08/03/2022)